정부가 대기업에 연구개발(R&D) 예산을 지원하면서 법인세도 공제·감면해주면서 이중으로 지원하고 있다는 지적이 28일 제기됐다. 특히 최근 5년간 대기업에 대한 R&D지원액은 전체 기업의 44%를 차지한 것으로 나타났다.

새정치민주연합 홍의락 의원이 한국과학기술평가기획원과 국세청에서 제출받아 분석한 바에 따르면, 지난 2009년부터 2013년까지 5년간 정부는 대기업(상호출자제한기업)에 R&D투자 명목으로 6조2330억원의 예산을 투입하고, 5조7509억원의 법인세도 공제·감면해줬다.

같은 기간 대기업이 정부로부터 받은 지원은 예산과 세액감면을 모두 포함해 총 11조9839억원에 이른다. 기업 전체에 지원된 예산총액 27조 2207억원 중 44.0%를 차지하는 규모다.

국가 연구개발(R&D)사업 예산은 미래부와 기획재정부가 예산사업 등으로 조정·배분하고, 연구인력개발비 세액공제는 조세특례제한법에 따라 기업 R&D투자비용의 일정액을 법인세에서 공제·감면해주는 제도다.

대기업에 지원된 R&D 예산은 2009년부터 2012년까지 연간 1조2000억~1조4000억원 수준을 기록했지만 지난해에는 경제민주화 문제가 제기되면서 다소 삭감됐다. 하지만 대기업이 받은 R&D 세액감면은 2009년 6738억원에서 2013년 1조6791억원으로 급격히 증가했다.

홍의락 의원은 "R&D예산은 많을수록 좋겠지만, 국민혈세가 투입된다는 면에서 최대한 효율적으로 집행돼야 한다"며 "특히 대기업에 대한 R&D투자는 예산사업과 세액감면 중 어떤 방법이 더 효율적인지 연구할 필요가 있다"고 지적했다.

홍 의원은 이어 "미래부는 R&D예산 배정·조정 시 세액감면 부분은 고려하지 않으며, 법령상으로도 예산사업과 조세지출 간 조정권한을 갖고 있지 않다"며 "미래부는 R&D 총괄부처로서, 국무조정실·기재부 등과 협조해 R&D예산 중복투자를 최소화하기 위한 제도정비에 나서야 한다"고 강조했다