정부가 지하경제 양성화를 위해 도입한 전자세금계산서 발급 관련 세액공제 연장 여부를 검토중이다.

기획재정부는 '전자세금계산서 발급·전송에 대한 세액공제' 등 4건의 비과세·감면 제도를 신규 심층평가 대상으로 선정했다고 23일 밝혔다.

기재부는 지난해 전자세금계산서 발급 의무 개인사업자의 범위를 확대(공급가액 10억원 이상 → 3억원 이상)하면서 전산구축 비용 부담 등을 경감하기 위해 세액공제조치를 올해 말까지 연장했다.

현재 개인사업자가 전자세금계산서를 발급하고 국세청장에게 전송하는 경우 연간 100만원 한도에서 건당 200원을 부가가치세 납부세액에서 공제하고 있다.

기재부는 제도 도입 이후 지하경제 양성화와 전자세금계산서 정착 효과가 있었는지를 평가한 뒤 의무발급대상자 추가 확대 여부와 연계해 일몰 연장을 검토할 계획이다.

기재부 관계자는 "평가팀을 구성, 제도 운영 실적을 검토한 후 연장, 제도개선, 일몰 폐지 여부를 결정해 2015년 세법 개정안에 반영할 것"이라고 밝혔다.

기재부는 이 제도를 포함해 올해 일몰이 도래하는 ▲연안운항여객 선박용 석유류에 대한 간접세 면제 ▲중소기업 투자세액 공제 ▲중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 등 4건을 신규 심층평가 대상으로 선정했다.

또 국가보훈처가 추진 중인 '보훈관련 취업지원대상자에 대한 세제지원방안'에 대해서는 예비타당성조사를 실시하기로 했다.

이 제도는 고용창출투자세액 추가공제한도를 계산할 때 보훈관련 취업 지원 대상자도 청년, 고령자, 장애인과 같은 수준으로 우대하는 내용이다.

2013년 조세특례제한법 개정으로 올해부터 연간 감면액이 300억원 이상인 주요 비과세·감면 제도는 예비타당성 조사(신규도입)나 심층평가(일몰도래)를 통해 타당성을 검증받아야 한다.

기재부는 지금까지 신규 도입 예정이거나 일몰이 도래하는 17건(예비타당성조사 3건, 심층평가 14건)의 비과세·감면 제도를 평가 대상으로 선정했다.